Dans l'univers des X-Men, les mutations génétiques sont devenues monnaie courante, octroyant des super-pouvoirs à une part croissante de la population. Ces qualités surhumaines se dévoilent en général à l’adolescence, moment critique pendant lequel un mutant peut sombrer dans le doute et l’égarement ou au contraire peut arriver à maîtriser ses dons et devenir un individu épanoui.
Afin de les aider à franchir ce moment difficile, le Professeur Charles Xavier a créé une école spécialisée où il les forme à utiliser leurs pouvoirs et à s’accepter eux-mêmes. Il leur apprend également à vivre en harmonie avec les humains « normaux ».
Mais d’autres mutants, qui n’ont pas eu la chance de rencontrer le Professeur Xavier, ou qui l'ont rejeté, se sont égarés sur la voie du mal. Regroupés autour du mauvais mutant Magneto, ils n’ont pour but que d’affirmer leur prééminence en réduisant l’humanité en esclavage.
Il y a une autre race, les chimères qui sont des humains mais à cause d'accident sont devenus des mutants.
Se pose ainsi le problème du rapport de l'homme à son évolution et de l'intégration des différences. Les mutants, eux, se répartissent en deux groupes :
• Proches du Professeur Charles Xavier, ils croient à l'avantage de la différence et aux bénéfices du métissage des capacités
• Proches de Magnéto, les mutants se considèrent comme le stade évolué de l'homme et à ce titre, ce dernier est condamné à disparaître car il ralentit l'émergence d'une nouvelle humanité